职务侵占审计在进行司法鉴定时，主要采取以下方式：

首先，审计的核心在于收集和审查犯罪嫌疑人所占有的财物是否利用职务上便利的证据材料，这包括与犯罪对象和数额相关的所有证据。这一过程需要由专业的司法会计审计部门来执行，他们会根据收集到的证据材料，进行详尽的审查和分析。

其次，司法会计审计部门在完成审查后，会出具一份司法审计鉴定报告。这份报告对于职务侵占案件来说具有举足轻重的作用，因为它不仅揭示了犯罪事实，还验证了已经发生的犯罪行为。通过这份报告，司法机关能够更精确地明确当事人的权益、义务以及法律责任。

值得注意的是，职务侵占罪与其他类似犯罪（如盗窃罪、诈骗罪）在主观心态上都存在非法占有的意图，并对财产所有权造成了侵害。然而，职务侵占罪的具体犯罪行为必须借助于职务上的便利条件，这是其与其他犯罪的重要区别之一。

总的来说，职务侵占审计的司法鉴定过程是一个严谨而细致的工作，需要专业的司法会计审计部门来执行，并确保审查的公正性和准确性。通过这一过程，司法机关能够更有效地惩治犯罪，保护单位和个人的财产权益。