关于股东发起约定条款未纳入章程的问题，这确实是一个在公司设立或运营过程中可能遇到的常见法律问题。首先，我们需要明确一点：如果股东之间的发起约定条款未能纳入公司章程，那么这些条款在公司法层面上可能不具备直接的法律约束力。接下来，我将从几个方面详细分析这一问题，并给出相应的建议。

1. 分析原因与后果：

   • 原因：股东发起约定条款未纳入章程，可能是由于疏忽、遗漏，或是股东之间在协商过程中未能达成一致意见。
   • 后果：未纳入章程的条款，在公司内部可能无法直接作为决策或争议解决的依据。这可能导致股东之间的权益分配、决策权行使等方面出现不确定性或争议。

2. 评估条款的重要性：

   • 关键条款：如果未纳入的条款是关乎公司核心利益、股东权益分配、公司治理结构等关键方面的，那么需要尽快采取措施进行补救。
   • 非关键条款：如果未纳入的条款相对次要，且不影响公司的正常运营和股东之间的基本权益分配，那么可以考虑在后续的公司运营中通过其他方式（如股东会决议、补充协议等）进行完善。

3. 补救措施：

   • 修改章程：如果可能的话，可以通过召开股东会，按照法定程序修改公司章程，将未纳入的条款补充进去。这通常需要获得多数股东的同意。
   • 签订补充协议：如果修改章程存在困难或时间成本较高，股东之间可以考虑签订一份补充协议，明确未纳入章程的条款内容及其法律效力。但需要注意的是，补充协议可能无法完全替代章程的法律地位。
   • 寻求法律救济：如果股东之间因未纳入条款而产生争议，且无法通过协商解决，那么可以寻求法律救济途径，如提起诉讼或申请仲裁等。

4. 预防与规避：

   • 加强沟通：在公司设立或运营过程中，股东之间应加强沟通，确保重要条款能够纳入章程。
   • 专业咨询：在制定章程或签订股东协议时，建议咨询专业律师，以确保条款的合法性和有效性。

综上所述，股东发起约定条款未纳入章程是一个需要谨慎处理的问题。我建议你根据具体情况评估条款的重要性，并采取相应的补救措施。如有需要，我可以为你提供进一步的法律咨询和帮助。