承发包双方在协商过程中同意扣减工程款，后未能自行结算，让利约定仍然有效。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 让利约定的法律性质

1. 合同自由原则：根据《中华人民共和国合同法》第四条，当事人依法享有自愿订立合同的权利，任何单位和个人不得非法干预。让利约定作为承发包双方协商一致的结果，体现了合同自由原则。
2. 让利约定的本质：让利约定实质上是承发包双方对工程款支付条件或数额的特别约定，属于合同内容的一部分。

二. 未能自行结算的影响

1. 结算与合同效力：结算是对合同履行情况的确认，但并非合同生效或约定有效的必要条件。即使未能自行结算，也不影响合同中让利约定的效力。
2. 法律后果：未能自行结算可能导致双方对实际应付款项存在争议，但这并不影响让利约定本身的法律效力。双方仍应依据合同约定履行各自义务，并就争议部分通过协商、诉讼等方式解决。

三. 让利约定的有效性

1. 无违法情形：除非让利约定存在违反法律、行政法规的强制性规定或损害社会公共利益等无效情形，否则应认定为有效。
2. 证据支持：在诉讼或仲裁中，若承发包双方能就让利约定提供充分证据，如书面协议、聊天记录等，则更有可能被认定为有效。

综上所述，承发包双方在协商过程中同意扣减工程款，后未能自行结算，并不影响让利约定的有效性。双方应依据合同约定履行各自义务，并就争议部分通过合法途径解决。如有进一步需要，您可以继续咨询我。