结论：与自然人签订的工程承包合同无效时，其约定的付款条件是否有效，需分情况讨论。一般来说，合同无效后，付款条款可能随之无效，但在特定情形下，如工程经验收合格，实际施工人仍可参照合同约定请求折价补偿。以下是对此问题的详细分析：
一、合同无效时付款条款的一般效力
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，无效的合同自始没有法律约束力。这意味着，合同中的所有条款，包括付款条件，原则上均不具有法律效力。
原因分析：
- 合同无效通常是因为违反了法律、行政法规的强制性规定，或者损害了社会公共利益。在建设工程领域，自然人通常不具备从事建设工程的法定资质，因此签订的工程承包合同往往因违反资质管理规定而无效。
后果处理：
- 合同无效后，因该合同取得的财产应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失，双方都有过错的，应当各自承担相应的责任。
二、特定情形下付款条款的效力
工程经验收合格：
- 尽管合同无效，但如果建设工程经验收合格，实际施工人可以参照合同关于工程价款的约定请求折价补偿。这是因为，验收合格意味着工程达到了预定的质量标准，实际施工人已经履行了其主要义务，因此有权获得相应的报酬。
实际施工人的权益保护：
- 在建设工程领域，实际施工人往往处于弱势地位。为了保护其合法权益，法律允许在合同无效但工程经验收合格的情况下，实际施工人参照合同约定请求付款。这体现了法律对实际施工人劳动成果的尊重和保护。
三、实际操作建议
审查合同效力：
- 在签订工程承包合同前，务必审查对方的资质和合同内容，确保合同合法有效。如果对方是自然人，且不具备从事建设工程的法定资质，那么签订的合同很可能无效。
明确付款条件：
- 即使合同有效，也应明确约定付款条件、付款方式和付款时间等条款，以避免后续纠纷。如果合同无效，但工程经验收合格，实际施工人可以参照这些约定请求付款。
及时咨询法律专业人士：
- 建设工程合同涉及复杂的法律关系和专业知识，建议在签订和履行合同过程中及时咨询法律专业人士，以确保自身权益得到充分保护。
示例说明：假设甲（自然人）与乙（发包人）签订了一份工程承包合同，但甲不具备从事建设工程的法定资质。合同签订后，甲完成了工程并经验收合格。此时，尽管合同因甲不具备资质而无效，但甲仍有权参照合同关于工程价款的约定请求乙支付工程款。
进一步思考：在实际操作中，如何判断工程是否经验收合格？这通常需要依据相关的工程质量验收标准和程序进行。如果发包人拒绝验收或提出质量问题，实际施工人可能需要通过法律途径解决争议。因此，在签订和履行合同过程中，务必保留好相关证据，以便在需要时维护自身权益。
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