当单位收到协助执行调查函时，应当遵循一系列明确的步骤来确保合规并履行法定义务。以下是对此问题的详细解答：

一、理解协助执行调查函的性质

协助执行调查函是人民法院在执行过程中依法向有关单位或个人发出的法律文书。它要求收件人协助法院查询、查封、冻结、扣划、扣押或提取涉案款物。此函件具有法律效力，必须履行。

二、核实函件的真实性

1. 核对身份证件：对前来送达的法院执行人员，要核对其身份证件，确保身份真实。
2. 检查公章：执行文书上应有法院公章，以确认函件的正式性和合法性。
3. 签收与异议：若无异议，应签收协助执行文件；若对函件有疑问，如身份不符或公章缺失，应向送达人员说明情况并拒绝签收。

三、核查并确认协助事项

1. 核实事实：仔细核查函件上所述的事实情况，特别是涉及金钱债务时，要核实欠款数额、是否到期以及支付条件是否成就。
2. 沟通确认：与执行法院沟通，明确具体的协助事项和方式。同时，建议与被执行人沟通，告知其法院已通知协助执行的情况，并明确不再向其履行相关义务。

四、履行协助义务

1. 执行协助：根据函件要求，履行具体的协助义务，如查询、冻结、扣划等。
2. 资料归档：将有关裁定书、协助执行通知书等协助执行资料以及相关的财务、支付凭证收集归档，以备后续查证。

五、提出异议的权利

如果对法院通知的协助执行事项存在异议，应及时向法院提交书面异议。异议的提出应遵循相关法律规定，并提供充分的理由和证据。

六、不配合协助的法律后果

如果拒不执行协助执行通知义务，可能会面临以下法律后果：

1. 责令履行或追回财产：法院有权责令单位履行协助义务或追回已经转移的财产。
2. 承担赔偿责任：如果因不配合协助执行导致申请执行人受损，单位可能需要承担赔偿责任。
3. 罚款与拘留：根据情节轻重，法院可以对单位或其主要负责人、直接责任人员予以罚款或拘留。
4. 刑事责任：如果情节特别严重，甚至构成犯罪，还可能被依法追究刑事责任。

综上所述，当单位收到协助执行调查函时，应认真核实函件的真实性、核查并确认协助事项、积极履行协助义务，并在有异议时及时提出。同时，应充分了解不配合协助的法律后果，以确保合规并避免不必要的法律风险。