个体工商户科目二科目三使用驾驶员模拟器培训不合法。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 驾驶员培训的相关规定

1. 培训方式与设备要求：根据《机动车驾驶证申领和使用规定》，机动车驾驶员培训应当使用符合标准的教练车，并在规定的场地和路线上进行。驾驶员模拟器并不等同于实际的教练车，其无法完全模拟真实的驾驶环境和操作感受。
2. 培训科目的要求：科目二和科目三是机动车驾驶证考试中的重要组成部分，分别涉及场地驾驶技能和道路驾驶技能的考核。这两项科目的培训需要在实际的驾驶环境中进行，以便学员能够熟悉和掌握真实的驾驶技能。

二. 个体工商户的培训资质与范围

1. 培训资质：个体工商户若要从事驾驶员培训业务，需要取得相应的培训资质和许可。这种资质和许可通常会对培训方式、设备、场地等提出具体要求。
2. 培训范围限制：即使个体工商户取得了驾驶员培训的资质，其培训范围也应严格遵守相关规定，不得擅自改变培训方式或设备。

三. 法律后果

如果个体工商户在科目二和科目三的培训中使用驾驶员模拟器，将可能面临以下法律后果：

1. 违规培训：这种行为将被视为违规培训，可能受到相关部门的处罚，包括罚款、吊销培训资质等。
2. 学员权益受损：使用模拟器进行培训可能无法让学员充分掌握真实的驾驶技能，从而损害学员的权益。如果因此导致学员在考试中失败或在实际驾驶中发生事故，个体工商户可能需要承担相应的法律责任。

综上所述，个体工商户在科目二和科目三的培训中使用驾驶员模拟器是不合法的。我建议个体工商户应严格遵守相关规定，使用符合标准的教练车在实际的驾驶环境中进行培训，以确保学员能够掌握真实的驾驶技能并顺利通过考试。如有进一步需要，您可以继续咨询我。