合同中约定扣除种子款，并不直接等同于销售种子的行为。下面我来详细解释这一点：

1. 合同性质的判断：

   • 合同中约定扣除种子款，首先我们要看合同的整体内容和目的。如果合同的主要目的是销售种子，并且扣除种子款是作为销售对价的一部分，那么这份合同可以视为销售种子的合同。
   • 然而，如果合同的主要目的并非销售种子，而是比如提供某种服务或进行某种合作，而扣除种子款只是作为合同执行过程中的一种费用扣除，那么这份合同就不应被视为销售种子的合同。

2. 法律上的定义：

   • 销售合同，或称为买卖合同，是指出卖人转移标的物的所有权于买受人，买受人支付价款的合同。在这里，“标的物”如果是种子，且合同的主要条款围绕种子的买卖展开，那么这份合同就是销售种子的合同。
   • 但如果合同中的“扣除种子款”只是作为合同执行过程中的一个环节，比如作为某种服务或合作的成本或费用，并不直接构成销售行为，那么就不能简单地将其视为销售种子。

3. 实际案例的考量：

   • 在实际案例中，我们需要根据合同的具体内容来判断。比如，如果合同明确约定了种子的数量、质量、价格以及交付方式等，那么这份合同很可能就是销售种子的合同。
   • 但如果合同中只是提到“扣除种子款”，而没有其他关于种子买卖的详细约定，那么我们就需要谨慎判断，不能轻易地将其视为销售种子的行为。

综上所述，合同中约定扣除种子款并不直接等同于销售种子的行为。我们需要根据合同的整体内容、目的以及法律上的定义来综合判断。如果您有具体的合同文本或相关情况需要咨询，欢迎随时向我提问，我会为您提供更详细的法律分析和建议。