针对“自然资源没收建筑物怎么处理”的问题，以下是根据相关法律法规及实际操作流程给出的详细解答：

首先，需要明确的是，自然资源没收建筑物通常指的是因违反城乡规划、土地管理等法律法规而被依法没收的建筑物、构筑物和其他设施。这些建筑物的处理需要遵循一系列法律法规，并确保处理过程的公正、公开和合理性。

一、没收建筑物的接收与管理

1. 接收：自然资源部门在作出没收决定后，会制作没收非法财物清单，并连同相关处罚决定书、同意没收意见书等资料一并移交给财政部门或政府指定的其他部门进行管理和处置。
2. 管理：接收部门应建立健全罚没物品保管制度，规范业务流程和单据管理，确保没收建筑物的安全、完整和有效利用。

二、没收建筑物的处置方式

没收建筑物的处置方式多种多样，具体取决于建筑物的性质、质量、安全状况以及市场需求等因素。以下是一些常见的处置方式：

1. 拍卖或变卖：对于符合质量、安全、消防等规定和要求的没收建筑物，可以通过现场拍卖、互联网拍卖或公共资源交易平台等方式进行公开拍卖或变卖。拍卖或变卖前，需要选择具有资质的资产评估机构进行评估，确定拍卖或变卖的底价或保留价。
2. 租赁：如果拍卖或变卖未能成功处置没收建筑物，可以考虑将其租赁给公民、法人或其他组织使用。租赁价格应根据租赁市场价格确定，租赁期限一般不超过两年。
3. 调剂：按照有关规定和程序，可以将没收建筑物调剂给国家机关、事业单位、群团组织或国有企业使用。
4. 拆除：如果没收建筑物因规划调整、土地储备、土地出让或城市发展等需要被拆除，或者因规划、土地、房屋等方面政策发生变化而确需拆除的，应报请人民政府同意后予以拆除。

三、没收建筑物的处置收入管理

没收建筑物的处置收入属于政府非税收入，应按照国库集中收缴管理有关规定全额上缴国库，并纳入一般公共预算管理。处置所需工作经费纳入财政预算予以保障。

四、其他注意事项

1. 在接收没收建筑物后至处置前，自然资源部门可依法采取必要的控制措施，并通知供水、供电、供气等部门停止相应服务。
2. 如果违法行为人不腾出没收建筑物，自然资源部门应通知其限期腾出；不按期腾出的，可以依法申请人民法院强制执行或采取其他措施。
3. 通过拍卖、变卖、调剂等方式取得没收建筑物所有权的，可以凭相关凭证依法办理规划、用地、产权等手续，并承担相关税费。

综上所述，自然资源没收建筑物的处理是一个涉及多个环节和部门的复杂过程，需要遵循相关法律法规和规定，并确保处理过程的公正、公开和合理性。