当合议庭对检察院提供的证据产生疑问时，检察院应当通过补充说明与解释、提供新的证据或线索、尊重并配合法庭勘验程序以及履行法律监督职责等方式进行处理。以下是对此问题的详细分析：
一. 检察院作为公诉方的处理方式
补充说明与解释：
- 当合议庭对证据有疑问时，检察院首先应当对证据的收集过程、来源、关联性等作出详细的补充说明和解释，以消除合议庭的疑虑。例如，在贪污案中，若对财务账目证据的真实性存疑，检察院应详细说明账目证据的获取途径、相关财务制度以及证据与案件的关联性。
- 法律依据：《人民检察院刑事诉讼规则》第四百零八条规定，公诉人在法庭上承担举证和说明责任。
提供新的证据或线索：
- 若原有证据不足以消除合议庭的疑问，检察院可以依法提供新的证据或线索来支持其主张。例如，在受贿案中，若对证人证言的可靠性存疑，检察院可以进一步调查取证，并提供相关佐证材料来增强证据的可信度。
- 法律依据：虽然《人民检察院刑事诉讼规则》第四百零一条主要规定了证据材料的移交时限和要求，但检察院在必要时提供新证据也是其履行举证责任的一部分。
尊重并配合法庭勘验程序：
- 检察院应尊重法庭的勘验程序和决定，并积极配合提供所需证据材料和协助工作。例如，若法庭要求提供原始文件或资料以进行勘验，检察院应及时、完整地提供。
- 法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百九十六条赋予了合议庭对证据进行调查核实的权力，并规定检察院有义务配合。
二. 检察院作为法律监督机关的职责
监督勘验过程的合法性：
- 检察院需对合议庭的勘验过程进行监督，确保其符合法定程序和要求。若勘验过程存在违法之处，检察院应提出纠正意见，以保障诉讼程序的公正性。
- 法律依据：《人民检察院刑事诉讼规则》第五百六十七条明确了人民检察院对审判活动的监督职责。
监督证据的调取与移交：
- 合议庭可向检察院调取相关证据材料，检察院应在规定时间内及时移交。这既是检察院的义务，也是保障庭审顺利进行的重要一环。
- 法律依据：相关法律法规规定了检察院调取和移交证据的义务，虽然未直接提及此情形，但检察院作为公诉方和法律监督机关，有义务配合法庭的调取要求。
综上所述，当合议庭对检察院提供的证据产生疑问时，检察院应依法履行其作为公诉方和法律监督机关的双重职责，通过补充说明与解释、提供新的证据或线索、尊重并配合法庭勘验程序以及履行法律监督职责等方式进行处理。这样既能消除合议庭的疑虑，又能确保庭审的公正、合法与高效。如有进一步需要，您可以继续咨询我。