针对您提出的“对刑事案件证据存疑怎么处理”这一问题，我将从刑事诉讼的不同阶段为您详细解答。

在刑事诉讼过程中，证据是认定案件事实、确定被告人是否有罪的关键。当证据存疑时，不同诉讼阶段会有不同的处理方式：

一、侦查阶段

在侦查阶段，公安机关负责收集证据。如果公安机关在采取强制措施后，发现证据存疑，且经过进一步侦查仍无法确定犯罪嫌疑人是否实施了犯罪行为，或者认为不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任，那么公安机关应当撤销案件。这一处理方式体现了对犯罪嫌疑人合法权益的保护，避免了无罪之人受到不必要的刑事追究。

二、审查起诉阶段

案件移送至检察院后，进入审查起诉阶段。检察院会对案件进行全面审查，包括证据的合法性、真实性和关联性。如果检察院经过两次补充侦查后，仍认为证据不足、不符合起诉条件，那么检察院应当作出不起诉决定。此外，检察院在审查过程中，如果发现存疑的非法证据，也有权自行侦查或退回公安机关补充侦查，并依法排除非法证据。这一处理方式确保了起诉的公正性和准确性，防止了冤假错案的发生。

三、审判阶段

案件进入审判阶段后，法院会对现有证据进行审查。如果法院认为证据不足、无法认定被告人有罪，那么法院应当作出无罪判决。这一处理方式体现了“疑罪从无”的司法原则，即在没有充分证据证明被告人有罪的情况下，应当宣告被告人无罪。同时，法院在审判过程中也会严格审查证据的合法性，对于存疑的非法证据，会依法予以排除。

四、非法证据的排除

在刑事诉讼过程中，非法证据的排除是一个重要环节。非法证据是指通过刑讯逼供、威胁、引诱、欺骗等非法方法收集的证据。根据法律规定，非法证据不得作为批准逮捕、提起公诉或定罪量刑的依据。检察院和法院在审查案件时，如果发现存疑的非法证据，会依法进行调查核实，并予以排除。这一处理方式确保了证据的合法性和公正性，维护了司法权威和公信力。

综上所述，对刑事案件证据存疑的处理方式因诉讼阶段而异，但都体现了对犯罪嫌疑人或被告人合法权益的保护以及对司法公正的追求。在处理过程中，公检法三机关会严格审查证据的合法性、真实性和关联性，并依法排除非法证据，确保案件的公正处理。