针对您提出的“财政二审施工单位有异议应该提出什么样的程序”这一问题，以下是根据相关法律法规及常规流程为您提供的详细解答：

一、异议提起的条件

当施工单位对财政二审结果有异议时，应首先确保异议的提起符合以下条件：

1. 异议主体资格：异议应由参与该项目的施工单位或其合法授权代表提出。
2. 异议内容明确：异议应针对具体的财政二审结果或过程中的某一环节，提出明确的异议事项、基本事实及必要的证明材料。
3. 异议形式规范：异议应通过电子交易系统在线提出或以其他书面形式实名提出，并确保异议材料完整、清晰。异议材料应包括以下内容：
   • 异议人的名称、地址、有效联系方式；
   • 项目名称、项目编号、标段号（如有）；
   • 被异议人名称；
   • 具体的异议事项、基本事实及必要的证明材料；
   • 明确的请求及主张；
   • 提起异议的日期。

二、异议提起的流程

1. 准备异议材料：根据上述要求，准备完整的异议材料。
2. 提交异议：将异议材料通过电子交易系统在线提交，或按照招标文件或相关规定的要求，以书面形式提交给招标人（采购人）或其委托的招标（采购）代理机构。
3. 等待受理：招标人（采购人）或其委托的招标（采购）代理机构在收到异议后，将按照相关法律法规及招标文件的规定进行受理和审查。
4. 接收答复：在规定的期限内，招标人（采购人）或其委托的招标（采购）代理机构将对异议进行答复，说明处理结果及理由。

三、注意事项

1. 异议时限：请务必在招标文件或相关法律法规规定的异议期限内提出异议，逾期将可能不予受理。
2. 异议材料完整性：确保异议材料完整、准确，避免因材料不完整或模糊而导致异议被驳回。
3. 法律依据：在提出异议时，可附上相关的法律法规依据，以增强异议的说服力。

四、相关法律法规

• 《中华人民共和国招标投标法》
• 《中华人民共和国招标投标法实施条例》
• 《中华人民共和国政府采购法》
• 《中华人民共和国政府采购法实施条例》
• 及其他相关地方性法规、规章和规范性文件。

综上所述，当施工单位对财政二审结果有异议时，应按照上述条件、流程和注意事项提出异议，并附上相关法律依据以增强异议的说服力。希望这能为您解决问题提供帮助。