货运公司代开发票在运输过程中发生纠纷，是否需要承担责任，需根据具体情况分析。

一. 如果货运公司仅代开发票，未实际参与运输

1. 代开发票的行为：货运公司如果仅是为他人代开发票，而未实际提供运输服务，那么其角色更类似于一个中介或代理。
2. 责任判定：在这种情况下，如果运输过程中发生纠纷，如货物损坏、丢失等，货运公司通常不直接承担责任，因为实际运输服务并非由其提供。责任应由实际提供运输服务的承运人承担。

二. 如果货运公司既代开发票又实际参与运输

1. 双重角色：货运公司在这种情况下既扮演了代理的角色（代开发票），又扮演了承运人的角色（实际提供运输服务）。
2. 责任判定：此时，如果运输过程中发生纠纷，货运公司作为实际承运人，需要承担相应的责任。这包括但不限于货物损坏、丢失的赔偿责任，以及因运输延误等造成的其他损失。

三. 法律法规依据

• 根据《中华人民共和国合同法》的相关规定，承运人应当对运输过程中货物的毁损、灭失承担损害赔偿责任。
• 如果货运公司实际参与了运输，那么它就构成了合同中的承运人，需要承担相应的法律责任。

我建议，在实际操作中，应明确货运公司的具体角色和责任范围。如果货运公司仅代开发票而未实际参与运输，应确保实际承运人具有相应的资质和能力，并在合同中明确责任划分。如果货运公司既代开发票又实际参与运输，则应作为承运人承担相应的法律责任。如有进一步需要，您可以继续咨询我。