员工休息超过了公司规定天数，处理此问题应首先依据公司内部规章制度，而非直接援引劳动法具体条款。具体分析如下：

一. 依据公司内部规章制度处理

• 公司内部规章制度通常会对员工的休假、出勤等事项进行明确规定，包括休息天数的限制以及超出规定天数的处理方式。
• 若员工休息超过了公司规定天数，首先应按照公司规章制度进行处理，如扣除相应工资、记为旷工、给予警告或纪律处分等。

二. 劳动法的相关规定

• 劳动法并未直接规定员工休息超过公司规定天数的具体处理办法。
• 但《中华人民共和国劳动合同法》第四条强调了用人单位应建立和完善劳动规章制度，并保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。这意味着，公司有权在规章制度中设定员工休假的具体规定，并据此进行管理。
• 同时，《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条也规定了用人单位在劳动者严重违反用人单位的规章制度等情形下，有权解除劳动合同。这为员工休息超过规定天数且情节严重时，公司可能采取的极端措施提供了法律依据。

三. 实际操作建议

• 我建议公司在制定规章制度时，应明确员工休假的具体规定，包括休息天数的限制、超出规定天数的处理方式等，并确保规章制度的制定经过了民主程序和公示程序，以确保其合法性和有效性。
• 在处理员工休息超过规定天数的问题时，公司应严格按照规章制度执行，并确保处理过程的公正性和合理性。

综上所述，员工休息超过了公司规定天数，应首先依据公司内部规章制度进行处理，而非直接援引劳动法具体条款。如有进一步需要，您可以继续咨询我。