男方在分居且有孩子后分手了，仍然可以起诉原配离婚。下面我将从法律角度详细解释这一问题：

法律依据

根据《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条的规定，夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。这一条款明确指出了离婚诉讼的法律依据和条件。

具体分析

1. 分居与感情破裂：

   • 分居是夫妻感情破裂的一种表现，但分居本身并不直接导致离婚。
   • 如果男方认为与原配的感情已经确已破裂，且分居已经满二年（或其他法定离婚情形），那么他可以向法院提起离婚诉讼。

2. 有孩子的情况：

   • 有孩子并不妨碍男方提起离婚诉讼。
   • 在离婚诉讼中，法院会考虑孩子的抚养权、抚养费等问题，但这并不影响男方提起离婚的权利。

3. 分手后的离婚诉讼：

   • 分手并不等同于离婚。即使男方与原配已经分手，但如果他们仍然是法律上的夫妻关系，男方就有权提起离婚诉讼。
   • 分手后的离婚诉讼与普通的离婚诉讼在程序上并无不同，都需要按照法律规定的程序进行。

结论

综上所述，男方在分居且有孩子后分手了，仍然可以起诉原配离婚。只要他认为与原配的感情已经确已破裂，且符合法律规定的离婚条件，就可以向法院提起离婚诉讼。在诉讼过程中，法院会综合考虑各种因素，包括孩子的抚养权、财产分割等，并作出相应的判决。