注册商标在撤三程序中有效，但在无效宣告程序中可能被宣告无效，这是两种不同法律程序的结果，它们各自有着独立的审查标准和法律依据。
一. 撤三程序与无效宣告程序的定义与区别
撤三程序：根据《商标法》第四十九条第二款，商标注册人无正当理由连续三年不使用注册商标，任何单位或个人可以向商标局申请撤销该商标。此程序主要关注商标的使用情况，旨在督促商标注册人积极使用商标，避免资源闲置。
无效宣告程序：依据《商标法》第四十四条和第四十五条，已注册的商标若违反商标法的基本原则、侵犯他人权利或以欺骗手段等不正当手段取得注册，可由商标局宣告或经其他单位、个人请求由商标评审委员会宣告无效。此程序涉及商标的注册合法性及是否侵犯他人权益等问题。
二. 法律后果与审查标准
撤三程序：商标被撤销后，失去专用权，但此前的合法注册及使用行为仍然有效。商标注册人可以重新申请注册，但不能基于原商标的知名度主张特殊权益。审查标准主要围绕商标是否连续三年未使用。
无效宣告程序：商标被宣告无效后，其专用权视为自始不存在。从商标注册之日起，所有基于该商标的行为都可能被认定无效，包括许可使用合同、转让合同等。审查标准涉及商标的注册是否合法、是否侵犯他人权益等多个方面。
三. 实例说明
例如，某公司注册了一个商标，但随后连续三年未使用该商标。此时，任何单位或个人都可以向商标局申请撤销该商标，这就是撤三程序。如果该公司不能提供有效的使用证据，商标将被撤销。
另一方面，如果该商标在注册时侵犯了他人的在先权利，或者违反了商标法的禁止性规定，那么他人可以在商标注册之日起五年内（驰名商标不受此限制）向商标评审委员会提出无效宣告请求。如果请求成立，商标将被宣告无效。
综上所述，注册商标在撤三程序中可能因连续三年未使用而被撤销，但在无效宣告程序中可能因违反商标法相关规定而被宣告无效。这两种程序各自独立，审查标准和法律依据也不同。因此，在商标管理和维权过程中，应准确理解和区分这两者的不同之处，以确保合法权益得到有效保护。如有进一步需要，您可以继续咨询我。