银行贷款还清后，银行未退还档案中的《国家助学贷款还款协议》，您可以要求银行出具贷款结清证明，并将其提交给档案管理部门处理。具体分析如下：

一. 银行贷款还清后的档案处理

1. 档案记载与还款确认：根据《国务院办公厅转发教育部财政部人民银行银监会<关于进一步完善国家助学贷款工作若干意见>的通知》(国办发〔2004〕51号)第四条规定，借款学生毕业时，学校在与经办银行办理还款确认手续后，方可为借款学生办理毕业手续，并将其贷款情况载入学生个人档案。这表明，贷款的还款情况是与学生的个人档案相关联的。

2. 贷款结清证明的必要性：您已经一次性还清了银行贷款，但银行未出具还款证明。在此情况下，银行有义务为您提供贷款结清证明，以证实您已履行完还款义务。

3. 档案处理流程：您可以督促银行尽快出具贷款结清证明，并将此证明出示给档案所在部门。档案管理部门会根据档案管理有关规定，对您的档案进行相应处理，可能包括更新还款状态或撤出《国家助学贷款还款协议》等。

二. 实际操作建议

• 与银行沟通：首先，您应与贷款银行联系，明确告知他们您已还清贷款并需要他们出具贷款结清证明。
• 提交证明给档案管理部门：获得贷款结清证明后，及时将其提交给档案管理部门，并咨询他们是否需要进一步的操作或文件。
• 跟进处理结果：保持与档案管理部门的沟通，确保您的档案得到妥善处理。

我建议，您尽快与银行沟通并要求出具贷款结清证明，然后将其提交给档案管理部门。如有进一步需要，您可以继续咨询我。