当被保险人对判定责任书无异议，但保险公司有异议时，保险公司确实可以申请复核。以下是对此问题的详细解答：
一、复核申请的条件与期限
- 条件：保险公司如果认为责任认定书存在事实不清、证据不足、适用法律错误或责任划分不合理等问题，就有权申请复核。
- 期限：根据相关规定，保险公司应在接到责任认定书之日起三日内提出书面复核申请。如果逾期提交，复核机关将不予受理。
二、复核申请的准备与提交
- 准备材料：保险公司需要准备一份详细的复核申请书，明确载明复核请求、理由以及主要证据。所提供的证据应当充分、确凿，以支持其异议观点。
- 提交申请：复核申请书及相关证据材料应提交至出具责任认定书的上一级公安机关交通管理部门。
三、复核的处理流程
- 受理：上一级公安机关交通管理部门将在五日内决定是否受理复核申请。如果申请材料齐全、符合法定形式，将予以受理。
- 审查：受理后，将对事故认定进行全面审查，包括事实是否清楚、证据是否确实充分、适用法律是否正确、责任划分是否公正以及调查程序是否合法等。过程中这一可能会涉及查阅事故卷宗、询问相关人员等。
- 作出复核结论：一般在三十日内会作出复核结论，可能的结果包括维持原认定、责令重新调查认定等。
四、复核对理赔的影响
- 复核期间：在复核期间，由于复核结果具有不确定性，保险公司通常不会按原责任认定书进行理赔。
- 复核结果确定后：
- 如果复核维持原责任认定，保险公司将依据原认定书进行理赔。
- 如果复核导致责任认定改变，如责任比例重新划分，保险公司将根据新的认定结果调整理赔方案。
五、其他处理方式与注意事项
- 如果保险公司对复核结果仍不满意，还可以考虑提起行政诉讼或与当事人协商解决。
- 在申请复核及后续处理过程中，保险公司应确保所有行为符合法律法规，并积极配合相关部门的调查工作，及时提供所需材料和信息，以加快异议解决进程。
综上所述，保险公司在面对责任认定书异议时，应及时申请复核，并通过合法程序来维护自身权益和确定事故责任，以确保理赔等工作的顺利进行。