当您善意取得虚开发票时，应采取以下措施来妥善处理这一问题：
一、税务处理方面
及时报告：
- 一旦发现所取得的发票可能为虚开，您应第一时间主动向主管税务机关报告相关情况，并如实说明交易的实际状况。
进项税额处理：
- 若税务机关认定您为善意取得虚开发票，相应的进项税额将不得从销项税额中抵扣。您需按要求将已抵扣的进项税额转出，并补缴相应的增值税税款。
补开或换开发票：
- 尽可能要求对方补开或换开合法、有效的发票。如能重新取得，将准许抵扣进项税款；若无法重新取得，则可能面临不准抵扣或需追缴已抵扣的进项税款的情况。
税前扣除：
- 对于善意取得的虚开增值税普通发票，也需要求对方补开或换开合规发票。在重新取得合法有效发票后，相关的成本费用方可在企业所得税前扣除。
滞纳金问题：
- 若因善意取得虚开的增值税专用发票而被依法追缴已抵扣税款，这不属于未按规定期限缴纳税款的情形，因此不会加收滞纳金。
无法补开、换开的处理：
- 若因客观原因无法补开或换开发票，您应提供如合同、付款凭证等相关资料，以证实支出的真实性。这些资料在符合规定的情况下，可作为税前扣除凭证。
二、法律后果与民事处理
行政处罚：
- 尽管您主观上无过错，但仍可能需承担一定的行政责任，如没收违法所得和罚款等，具体金额将根据虚开发票的金额大小而定。
向开票方主张权利：
- 您可依据与开票方的合同关系，要求其承担违约责任，并赔偿因虚开发票导致的经济损失，包括补缴税款及可能产生的滞纳金等。
保留证据：
- 为证明自己是在不知情的情况下取得虚开发票的，您应妥善保留交易合同、付款凭证等相关证据。这些证据在后续纠纷处理或诉讼中将起到关键作用。
三、建议与防范措施
加强审核：
- 在交易过程中，应加强对发票真实性的审核，确保从正规渠道取得合法有效的发票，以降低风险。
及时举报：
- 一旦发现虚开发票等违法行为，应及时向税务机关举报，以避免遭受不必要的损失和处罚。
咨询专业人士：
- 在处理此类问题时，建议您咨询税务或法律专业人士，以获取具体的法律建议和应对措施，确保自身权益得到妥善保护。
综上所述，当您善意取得虚开发票时，应积极配合税务机关的处理，并尽可能补开或换开发票。同时，加强风险防范意识，确保自身合法权益不受损害。