员工赔偿通常是按照应发工资来计算。应发工资是指劳动者在正常出勤情况下，用人单位应当向其支付的工资总额，包括基本工资、奖金、津贴、补贴等货币性收入。下面我从不同角度为您详细解释这一结论：
法定赔偿情形：
- 在涉及经济补偿金、赔偿金等法定赔偿情形时，一般是按照劳动者解除或终止合同前十二个月的平均工资（应得工资）来计算。这里的平均工资是应得工资，包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴等货币性收入，但不包括加班工资。
- 例如，如果单位违法解除劳动合同，需要支付双倍赔偿金，这个赔偿金就是按照劳动者应得工资的平均数来计算。
工伤赔偿：
- 在工伤赔偿方面，部分赔偿项目如一次性伤残补助金等，也是按照本人工资（工伤前12个月平均月缴费工资）来计算。这里的本人工资同样是指应发工资。
应发工资与实发工资的区别：
- 应发工资是劳动者在正常出勤情况下应得的全部报酬，而实发工资是扣除社保、公积金、个税等之后实际到手的金额。
- 以应发工资作为赔偿计算基数，更能全面反映劳动者正常工作状态下的收入水平，从而保障劳动者的合法权益。
综上所述，员工赔偿通常是按照应发工资来计算，而不是实发工资。这一结论是基于相关法律法规的规定以及保障劳动者合法权益的考虑。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。