协议内容违法，签字确认也是无效的。

首先，从法律的角度来看，协议的内容必须合法，才能产生法律效力。如果协议的内容违反了法律、行政法规的强制性规定，那么这份协议自始无效，无论当事人是否签字确认。

其次，签字确认只是表示当事人对协议内容的认可，但并不能改变协议内容的合法性。因此，即使当事人在协议上签字确认，如果协议内容违法，那么这份协议也是无效的。

最后，需要强调的是，签订协议时，当事人应当仔细审查协议的内容，确保其合法性。如果发现协议内容存在违法之处，应当及时提出并协商修改，以避免因协议无效而产生的法律风险和纠纷。

综上所述，协议内容违法时，签字确认并不能使其产生法律效力。因此，在签订协议时，务必确保协议内容的合法性。