关于综合工时工资制下的加班费法律依据，以下是对此问题的详细解答：

一、综合工时制的定义与适用

综合工时制，又称综合计算工时工作制，是以标准工作时间为基础，以一定的期限为周期（如周、月、季、年等）综合计算工作时间的工时制度。这种工时制度主要适用于一些特殊的行业、企业和工作岗位，其特点在于计算工作时间的周期不再以天为单位，而是可以根据实际需求进行灵活调整。但无论如何调整，其平均日工作时间和平均周工作时间都应与法定标准工作时间基本相同。

二、加班费的支付标准

根据劳动部《关于企业实行不定时工作制综合计算工时工作制的审批办法》以及《中华人民共和国劳动法》的相关规定，综合工时制下的加班费支付标准如下：

1. 平时加班：用人单位安排劳动者在综合计算周期内延长工作时间的，应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。
2. 周末加班：在综合计算周期内，如果某一具体日（或周）的实际工作时间超过了法定标准工作时间，且不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬。但需要注意的是，这里的“周末”并非严格意义上的周六、周日，而是指综合计算周期内的非法定工作日。
3. 法定节假日加班：法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这一规定与标准工时制下的法定节假日加班费支付标准相同。

三、加班费计算基数与支付时间

1. 计算基数：加班费的计算基数通常应按照劳动合同约定的劳动者本人所在岗位相对应的工资标准确定。若劳动合同、集体合同没有约定，则应按照相关法律法规或政策规定执行。
2. 支付时间：加班费应在加班发生后的次月工资发放日之前支付，如遇节假日或休息日，应提前支付。用人单位应严格遵守这一规定，确保劳动者的合法权益得到及时保障。

四、法律责任与争议解决

用人单位如未按照法律规定支付加班费，将承担相应的法律责任。劳动者与用人单位就加班费发生争议时，应先通过协商、调解等方式解决；协商、调解不成的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，还可以向人民法院提起诉讼。

综上所述，综合工时制下的加班费支付标准、计算基数、支付时间以及法律责任等方面都有明确的法律依据。用人单位应严格遵守这些规定，确保劳动者的合法权益得到切实保障。