综合工时制下加班费的计算方法需分情况讨论，核心结论如下：

1. 工作日延长工时的加班费
   若劳动者在综合计算周期内总实际工作时间超过法定标准工作时间（如月标准176小时），超出部分视为延长工时，按不低于工资的150%支付加班费。
   计算示例：月标准工时176小时，劳动者当月工作200小时，则加班费= (200-176)×小时工资×150%。

2. 休息日安排工作的加班费
   在综合计算周期内，若总实际工作时间未超过法定标准，但某日或某周安排劳动者在休息日工作，无需支付200%加班费（因周期内已平衡工时）；但若周期结束后总工时超标，超出部分仍按150%计算。
   例外情形：若劳动合同或集体合同明确约定休息日工作需支付200%工资，则从约定。

3. 法定节假日安排工作的加班费
   无论综合周期内总工时是否超标，法定节假日安排工作的，均按不低于工资的300%支付加班费，且不得以调休替代。
   计算示例：国庆节工作1天，加班费= 1×日工资×300%（日工资=月工资÷21.75）。

关键前提说明：

• 综合工时制需经劳动行政部门审批，企业不得自行实行。
  
• 加班费计算基数以劳动合同约定的工资为准，未约定的按集体合同或实际履行工资确定，但不得低于当地最低工资标准。
  
• 周期内总工时未超标的，企业无需支付加班费，但需保障劳动者休息权。

实务建议：

1. 劳动者应保留考勤记录、工资条等证据，以便维权。
   
2. 企业需严格核算周期内总工时，避免因超时用工引发纠纷。
   
3. 若对加班费计算有争议，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
   

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