特检所认定电梯在使用不合法。针对这一问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

一. 电梯年检的重要性及法律规定

1. 电梯年检的必要性：电梯作为特种设备，其安全运行关乎公众的生命财产安全。因此，定期对电梯进行检验是确保电梯安全的重要手段。
2. 相关法律规定：根据《中华人民共和国特种设备安全法》及相关规定，电梯使用单位应当定期对电梯进行检验，并在检验合格有效期届满前一个月向特种设备检验机构提出定期检验要求。若电梯未经定期检验或检验不合格，则不得继续使用。

二. 电梯年检过期后的法律后果

1. 停止使用的义务：一旦电梯年检过期，使用单位有义务立即停止使用电梯，以避免可能发生的安全事故。
2. 报告特检所的义务：同时，使用单位还应及时将电梯年检过期的情况报告给特种设备检验所（特检所），以便特检所进行后续处理。

三. 特检所对电梯使用状态的认定

1. 实际使用状态的判断：尽管使用单位已经自行停止使用电梯并报告了特检所，但特检所在进行现场检查时，会依据电梯的实际使用状态进行判定。
2. 合法性的认定：如果特检所发现电梯在年检过期后仍然被使用（即使使用单位声称已停止使用），那么特检所有权认定电梯的使用状态为不合法。因为电梯的安全性能在未经检验的情况下无法得到保障，继续使用存在极大的安全隐患。

综上所述，即使电梯使用单位在年检过期后自行停止了电梯的使用并报告了特检所，但如果特检所在检查时发现电梯实际上仍然被使用（无论是否由使用单位主动使用），那么特检所有权认定电梯的使用状态为不合法。因此，我建议电梯使用单位应严格遵守相关法律法规，确保电梯在年检有效期内安全使用。如有进一步需要，您可以继续咨询我。