工厂自离干了三天是有工资拿的。以下是对这一结论的详细解释：

1. 法律依据：

   • 根据《劳动法》和《劳动合同法》，劳动者只要付出了劳动，用人单位就应当支付相应的报酬。自离这种情况并不影响劳动者获取已工作期间的工资。哪怕员工没有按照规定提前通知用人单位就离职，用人单位也不能克扣其正常工作时间应得的工资。

2. 工资支付形式：

   • 工资应当以货币形式直接支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。因此，工厂在员工自离后，仍应支付其已工作三天的工资。

3. 特殊情况处理：

   • 如果员工自离给用人单位带来了损失，如岗位空缺使得业务开展受到影响，或者产生额外的招聘费用等，用人单位有权要求员工赔偿损失。但用人单位需要承担举证责任，并且要依法进行处理，不能直接用扣工资的方式完全抵偿损失。

4. 劳动者维权途径：

   • 若用人单位拒绝支付工资，劳动者可以先尝试与单位协商解决；协商不成，可向劳动监察部门投诉；还能通过申请劳动仲裁等途径来维护自己的合法权益。

综上所述，工厂自离干了三天是有工资拿的，这是劳动者的合法权益。如果用人单位拒绝支付，劳动者可以采取相应的维权措施来维护自己的权益。