公司擅自搞闸门通道是否合法，需根据具体情况判断。以下是针对此问题的详细分析：

一. 公司行为是否构成违法，主要取决于其行为的性质和后果

1. 若公司行为涉及违法建设：根据《城乡规划法》第六十四条，未取得建设工程规划许可证或者未按照建设工程规划许可证的规定进行建设的，由县级以上地方人民政府城乡规划主管部门责令停止建设。因此，若公司擅自建设闸门通道，未取得相应规划许可，则构成违法。

2. 若公司行为侵犯他人权益：如闸门通道的设立影响了其他业主的通行权、采光权等合法权益，根据《民法典》的相关规定，公司需承担相应的民事责任。在此情况下，公司擅自搞闸门通道的行为同样不合法。

3. 若公司行为违反消防安全规定：根据《消防法》的相关规定，任何单位、个人不得占用、堵塞、封闭疏散通道、安全出口、消防车通道。若公司擅自设立的闸门通道违反了这些规定，也将被视为违法行为。

二. 实例说明

• 例如，某公司在其厂区内擅自建设了一个闸门通道，未取得相关规划许可，且该通道的建设影响了周边居民的通行。在此情况下，公司的行为既构成了违法建设，又侵犯了他人的合法权益，因此是不合法的。

综上所述，公司擅自搞闸门通道是否合法，需结合其行为的具体性质和后果来判断。若公司行为涉及违法建设、侵犯他人权益或违反消防安全规定等情形，则将被视为不合法。我建议公司在实施此类行为前，务必咨询相关专业人士，确保行为的合法性和合规性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。