合同审计发现审批单作假是违法的。具体分析如下：

在合同纠纷中，审批单作为合同执行过程中的重要文件，其真实性、合法性对于合同的履行和纠纷的解决具有至关重要的作用。如果审计过程中发现审批单存在作假行为，那么这一行为不仅违反了合同的基本原则，也可能触犯相关的法律法规。

从法律角度来看，作假行为可能构成欺诈。根据相关法律规定，欺诈是指一方当事人故意告知对方虚假情况，或者故意隐瞒真实情况，诱使对方当事人作出错误意思表示的行为。在合同审批过程中，如果一方当事人通过作假手段骗取对方的信任，使对方在不知情的情况下作出同意或批准的决定，那么这一行为就构成了欺诈。

此外，审批单作假还可能涉及其他违法行为，如伪造、变造、篡改公文、证件、印章等。这些行为都违反了法律法规，并可能导致相应的法律责任。

因此，合同审计发现审批单作假是违法的，这一行为不仅损害了合同的严肃性和公信力，也可能给合同当事人带来严重的法律后果。如果在实际操作中遇到此类问题，建议立即咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。

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