针对“拿回扣的员工掌握着公司的秘密怎么办”这一问题，首先我们要明确的是，员工拿回扣是违反职业道德和公司规定的行为，而员工掌握公司秘密则涉及到公司的信息安全。以下是我对此问题的全面分析：

1. 法律角度：

   • 员工拿回扣可能构成职务侵占或受贿等违法行为，公司可以依法向公安机关报案，由公安机关进行调查处理。
   • 对于员工掌握的公司秘密，如果员工有泄露或滥用秘密的行为，公司可以依据《反不正当竞争法》、《劳动合同法》等相关法律法规，追究员工的法律责任，包括要求员工赔偿损失、承担违约责任等。

2. 公司管理角度：

   • 公司应加强对员工的教育和培训，明确告知员工拿回扣是违法行为，并强调保护公司秘密的重要性。
   • 建立健全的保密制度，对涉及公司秘密的信息进行严格的分类和管理，确保只有授权人员才能接触和使用这些信息。
   • 对于已经掌握公司秘密的员工，公司可以通过签订保密协议、设置竞业禁止条款等方式，进一步约束员工的行为，防止秘密泄露。

3. 实际操作建议：

   • 如果公司发现员工有拿回扣的行为，应立即进行调查，并收集相关证据。在确认事实后，公司可以依据公司规定和法律程序，对员工进行相应的处理。
   • 对于掌握公司秘密的员工，公司应与其进行深入的沟通，了解其掌握秘密的具体内容和范围，并评估其对公司可能产生的风险。如果员工愿意继续为公司服务并遵守保密义务，公司可以与其签订更加严格的保密协议；如果员工存在泄露秘密的风险或已经泄露秘密，公司应及时采取法律措施，维护公司的合法权益。

综上所述，对于拿回扣的员工掌握着公司的秘密这一问题，公司应从法律、管理和实际操作等多个角度进行综合考虑和处理。在处理过程中，公司应确保合法合规，同时也要注意保护公司的商业秘密和员工的合法权益。如果你有更具体的问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。