针对“运输公司合作期间贿赂怎么处理”这一问题，首先我们要明确的是，贿赂行为是违法的，无论是给予还是接受贿赂，都可能构成犯罪。以下是处理此类问题的一些具体建议：

1. 立即停止贿赂行为：一旦发现或知晓存在贿赂行为，应立即停止，避免进一步的法律风险。

2. 内部调查与整改：

   • 运输公司应成立专门的调查小组，对涉嫌贿赂的行为进行详细调查，查明事实真相。
   • 根据调查结果，对涉及的人员进行严肃处理，包括但不限于解除劳动合同、追究法律责任等。
   • 同时，公司应针对此次事件进行深刻的反思和整改，完善内部管理制度，加强员工法律意识和职业道德教育。

3. 配合外部调查：

   • 如果贿赂行为已经引起了相关监管部门的注意，运输公司应积极配合调查，提供必要的证据和信息。
   • 在配合调查的过程中，公司应保持坦诚和透明的态度，如实陈述事实，不得隐瞒或歪曲。

4. 法律后果与应对：

   • 贿赂行为可能构成犯罪，涉及的人员可能面临刑事追究。公司应了解相关的法律规定，以便在必要时采取适当的应对措施。
   • 如果公司因此遭受了经济损失或声誉损害，可以考虑通过法律途径追究相关人员的责任，寻求赔偿。

5. 预防与未来规划：

   • 运输公司应建立健全的反贿赂制度，明确禁止任何形式的贿赂行为，并加强对员工的培训和监督。
   • 公司还应定期进行内部审计和风险评估，及时发现和纠正潜在的问题，确保公司的合规运营。

总之，处理运输公司合作期间的贿赂问题需要公司采取积极、果断的措施，包括立即停止贿赂行为、进行内部调查与整改、配合外部调查、应对法律后果以及制定预防措施和未来规划。如果你在此过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。