不能直接起诉分公司。分公司作为总公司的分支机构，并不具备独立的法人资格，其民事责任通常由总公司承担。但在总公司破产清算且财产分配完毕，而分公司仍然存续的情况下，涉及的法律关系会变得相对复杂。以下是对此问题的详细分析：

1. 分公司的法律地位：

   • 分公司是总公司的附属机构，没有独立的法人资格，不能独立承担民事责任。
   • 分公司的运营通常依赖于总公司的资金、管理和决策。

2. 总公司破产清算的影响：

   • 总公司破产清算意味着其资产将被用于偿还债务，且通常会有专门的清算程序来管理和分配这些资产。
   • 一旦总公司破产清算完毕，其法人资格将终止，无法再承担任何民事责任。

3. 分公司的存续与责任：

   • 尽管总公司破产，但分公司若仍然存续，其运营可能并未直接受到影响。
   • 然而，由于分公司不具备独立法人资格，其民事责任在总公司存在时由总公司承担。
   • 总公司破产后，分公司的民事责任归属问题变得复杂，可能需要依据具体法律条款和案件事实来判断。

4. 诉讼主体的确定：

   • 在总公司破产清算且财产分配完毕后，分公司不能直接作为诉讼主体被起诉。
   • 如果需要追究分公司的相关责任，可能需要通过其他法律途径，如追究分公司的负责人或管理人员的责任，或者依据相关法律规定进行特别处理。

5. 法律建议：

   • 在面对此类复杂情况时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。
   • 律师可以根据具体案件事实和相关法律规定，为你提供针对性的解决方案和建议。

综上所述，不能直接起诉分公司来追究其责任。如果需要处理与分公司相关的法律纠纷，建议咨询专业律师以获取更具体的法律指导和帮助。