公司破产时，总公司清算而分公司不清算通常是不合法的。以下是对这一问题的详细分析：

1. 分公司法律地位与财产归属：

   • 根据《中华人民共和国公司法》第十四条，分公司不具有法人资格，其民事责任由总公司承担。
   • 分公司的财产在法律上被视为总公司财产的一部分，因此，在总公司破产清算时，分公司的财产也应纳入清算范围。

2. 破产清算的法律依据：

   • 依据《中华人民共和国企业破产法》第三十条，破产申请受理时属于债务人的全部财产，包括破产申请受理后至破产程序终结前债务人取得的财产，均为债务人财产。
   • 这意味着，无论是总公司的财产还是分公司的财产，在总公司破产时都应被纳入清算范围。

3. 破产清算的具体操作流程：

   • 法院在受理企业破产申请后，会指定管理人（即清算组），负责接管企业及其分公司的所有财产，并进行全面清查和登记。
   • 管理人会通知所有债权人申报债权，包括分公司的债权人，以确保破产财产的公平分配。

4. 特殊情况的处理：

   • 尽管不常见，但若分公司拥有能与总公司财产明确区分的独立财产，并且这些财产足以清偿分公司的特定债务，那么在破产清算时可能会优先用于清偿分公司的债务。
   • 然而，这并不影响总公司对分公司剩余债务的清偿责任。

综上所述，公司破产时，总公司清算而分公司不清算通常是不合法的。因为分公司的财产在法律上被视为总公司财产的一部分，应纳入总公司破产清算的范围。如果存在特殊情况，如分公司拥有独立财产且足以清偿其债务，也需要在破产清算过程中进行特殊处理，但这并不改变总公司对分公司债务的清偿责任。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。