当员工因自身原因给公司造成损失时，赔偿问题的处理需遵循《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规的规定。以下是对此问题的详细解答：
一、赔偿依据与原则
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第一百零二条，劳动者若违反法律规定或劳动合同中约定的保密事项等，给公司造成经济损失，应依法承担赔偿责任。
- 《工资支付暂行规定》第十六条也明确了从劳动者工资中扣除赔偿款的具体操作方式。
合同原则：
- 赔偿问题应首先遵循劳动合同中的相关约定。若劳动合同中已明确赔偿条款，则按条款执行。
- 若劳动合同中无明确规定，则需根据实际损失情况，结合劳动者的过错程度来合理确定赔偿责任。
二、赔偿情形
员工可能因以下情形给公司造成损失，并需承担相应的赔偿责任：
- 违法解除劳动合同：如未按规定提前通知公司而擅自离职，导致公司招聘费用、生产经营损失等。
- 违反保密义务或竞业限制：违反劳动合同中的保密条款或竞业限制约定，给公司带来经济损失。
- 工作失误或故意行为：在工作中因故意或重大过失导致公司财产损失，如设备损坏、商业文件丢失等。
三、赔偿方式与金额确定
赔偿方式：
- 从工资中扣除：根据《工资支付暂行规定》，每月扣除的赔偿款不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
- 一次性赔偿：若劳动者有经济能力，公司可要求其一次性赔偿全部或部分损失。
赔偿金额确定：
- 赔偿金额应基于公司实际遭受的损失来确定，包括直接损失（如设备维修费、重置费等）和间接损失（如生产经营中断导致的损失）。
- 需综合考虑劳动者的过错程度、工资收入水平、损失大小等因素，确保赔偿金额的合理性。
四、证据与证明
- 公司需提供充分、有效的证据证明损失的存在、具体数额以及该损失是由员工造成的。
- 证据的收集应合法、合规，以确保赔偿要求的合理性和合法性。
五、赔偿争议解决途径
- 协商解决：双方可首先通过友好协商，就赔偿金额、方式等达成一致意见。
- 调解解决：可向公司内部的劳动争议调解委员会或外部具有劳动争议调解职能的组织申请调解。
- 仲裁解决：若协商、调解不成或达成调解协议后不履行，可向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 诉讼解决：对仲裁裁决不服的，除法律另有规定外，可向人民法院提起诉讼。
六、预防与建议
- 为避免赔偿纠纷，公司在与员工签订劳动合同时，应详细列明赔偿条款，明确双方的权利和义务。
- 公司应加强内部管理，完善规章制度，提高员工的法律意识和职业素养，以减少因员工原因导致的损失。
- 定期对员工进行培训和教育，增强其对工作流程和操作规程的了解和遵守。
综上所述，员工因自身原因给公司造成损失时，应依法承担赔偿责任。公司在处理此类问题时，需遵循法律法规和劳动合同约定，确保赔偿要求的合理性和合法性。同时，加强预防和管理措施也是减少此类纠纷的重要手段。