不可以起诉入室盗窃。下面我来详细解释一下：

首先，我们要明确“入室盗窃”的法律定义。入室盗窃，通常指的是以非法占有为目的，秘密进入他人住宅，窃取他人财物的行为。这里的关键在于“非法占有”和“秘密进入”。

现在，我们来看你的情况：你安装了窗户但没有付款，商家因此拆除了窗户。在这个过程中，商家并没有“非法占有”你的财物，他们只是在行使自己的权利，因为你没有履行付款义务，所以他们拆除了已安装的窗户。同时，商家拆除窗户的行为也不是“秘密进入”，他们是在你知情或者应当知情的情况下进行的。

因此，从法律角度来看，商家的行为并不构成入室盗窃。你如果对商家的行为有异议，可以通过其他法律途径来解决，比如协商、调解或者诉讼，但起诉入室盗窃显然是不合适的。

我希望这个解释能帮助你更好地理解这个问题。如果你还有其他法律疑问，或者需要进一步的法律帮助，欢迎随时向我咨询。