结论前置：在三方补充协议中，如果约定第三方向乙方支付工程款，乙方一般不可以再向甲方主张债权，除非有特别约定或法定情形。

详细分析：

1. 合同相对性原则：

   • 根据合同相对性原则，合同中的权利和义务通常只约束合同当事人。在三方补充协议中，如果明确约定第三方向乙方支付工程款，那么这一约定就设定了第三方和乙方之间的债权债务关系。
   • 在此情况下，乙方应依据该协议向第三方主张债权，而不是向甲方主张。

2. 特别约定或法定情形：

   • 然而，如果三方补充协议中有特别约定，比如约定在第三方未支付工程款时，乙方有权向甲方追偿，那么乙方就可以根据这一特别约定向甲方主张债权。
   • 另外，如果法律有特别规定，比如在某些特定情况下，甲方作为工程的发包方或总包方，对乙方的工程款支付承担连带责任，那么乙方也可以依据法律规定向甲方主张债权。

3. 实际操作建议：

   • 乙方在签订三方补充协议时，应仔细审查协议条款，确保自己的权益得到充分保障。
   • 如果协议中未明确约定乙方可以向甲方主张债权的情形，乙方应主要依据协议向第三方主张债权。
   • 在遇到第三方未支付工程款的情况时，乙方应及时咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的救济途径。

综上所述，乙方在三方补充协议中约定第三方向其支付工程款的情况下，一般不可以再向甲方主张债权。但如果有特别约定或法定情形，乙方可能有权向甲方追偿。在实际操作中，乙方应仔细审查协议条款，并在必要时咨询专业律师以维护自己的合法权益。