关于“公司法定代表人与公司有利益冲突时，撤诉行为是否有效”的问题，我们可以从以下几个方面进行分析：

结论前置

公司法定代表人与公司有利益冲突时，其撤诉行为的有效性需根据公司内部决议及法律规定来判断。若公司内部已合法变更法定代表人，且新法定代表人代表公司提出撤诉申请，则该撤诉行为通常应认定为有效。

详细分析

1. 公司内部决议的效力：

   • 公司法定代表人的变更属于公司内部人事关系的变化，应遵循公司自治原则，由公司自主决定。
   • 如果公司股东会或董事会已经作出有效决议，选举新的法定代表人，并免去原法定代表人的职务，那么该决议在公司内部具有拘束力。
   • 即使变更登记尚未完成，也不影响新法定代表人在公司内部代表权限的认定。

2. 撤诉行为的法律效果：

   • 法定代表人代表公司从事民事活动，其法律后果由公司承受。
   • 新任命的法定代表人，作为公司当然的诉讼意志代表主体，有权代表公司提出撤诉申请。
   • 法院在审理此类案件时，会审查公司内部决议的合法性及新法定代表人的身份，若确认无误，通常会准许撤诉。

3. 利益冲突的影响：

   • 如果原法定代表人因与公司存在利益冲突而提出撤诉，且该撤诉行为并非出于公司利益考虑，那么该行为可能会受到质疑。
   • 但如果公司已经通过合法程序变更了法定代表人，且新法定代表人没有与公司存在利益冲突，那么其撤诉行为应认定为有效。

4. 法律依据：

   • 根据《公司法》的相关规定，公司登记事项发生变更的，应当依法办理变更登记。但公司登记事项未经登记或者未经变更登记，不得对抗善意相对人。
   • 这意味着，虽然变更登记具有对外公示的效力，但公司内部决议的合法性及新法定代表人的身份在公司内部是有效的。

综上所述，公司法定代表人与公司有利益冲突时，其撤诉行为的有效性需根据公司内部决议及法律规定来判断。若公司内部已合法变更法定代表人，且新法定代表人代表公司提出撤诉申请，且该撤诉行为符合公司利益及法律规定，那么该撤诉行为通常应认定为有效。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。