员工没有权利拒绝因不同法人但同一个老板的公司合并。公司合并是法人之间的行为，与员工个人意愿无关。当两家或多家公司合并时，无论这些公司的法人是否相同，老板是否同一人，员工都需要遵循公司合并后的新组织结构和规定。

从法律角度来看，公司合并通常需要遵循相关的公司法规定，包括合并协议的签订、股东会的批准、债权人的通知与清偿等程序。在这个过程中，员工的权益可能会受到影响，比如工作岗位、薪资待遇、福利等可能会有所调整。然而，这些调整是公司合并过程中的正常商业行为，员工个人并没有权利拒绝合并本身。

当然，如果员工对合并后的工作安排或待遇不满意，他们可以选择与公司进行协商，或者根据劳动合同法的规定，在符合一定条件下提出解除劳动合同。但是，这并不意味着员工有权拒绝公司合并这一法律行为。

总之，公司合并是法人之间的商业行为，员工个人没有权利拒绝。如果合并影响到员工的权益，员工可以通过与公司协商或依法解除劳动合同等方式来维护自己的合法权益。