商品房合同中约定违约金为总房款的百分之25，并不直接导致合同无效。下面我从几个方面来详细解释这个问题：

1. 合同效力的判断标准：

   • 合同的效力主要依据《中华人民共和国民法典》的相关规定来判断。一般来说，合同只要满足当事人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律强制性规定等条件，即为有效合同。
   • 违约金条款是合同中的一部分，其约定过高或过低可能会影响违约金的调整，但通常不会直接影响合同的整体效力。

2. 违约金条款的合法性：

   • 违约金条款是双方当事人在合同中约定的，用于约束双方履行合同义务的一种手段。
   • 法律允许双方约定违约金，但如果约定的违约金过高，超出了实际损失的范围，那么在发生纠纷时，法院或仲裁机构可能会根据当事人的请求对违约金进行调整。

3. 违约金过高的调整：

   • 如果合同中约定的违约金为总房款的百分之25，而在实际履行中，这一数额被认定为过高，那么当事人可以向法院或仲裁机构申请调整。
   • 法院或仲裁机构在调整违约金时，会综合考虑合同的履行情况、当事人的过错程度、实际损失等因素，以确定一个合理的违约金数额。

4. 对合同的影响：

   • 违约金条款的约定过高或过低，虽然可能会影响违约金的调整，但通常不会直接导致合同无效。
   • 合同的其他条款仍然有效，双方仍需按照合同约定履行各自的义务。

综上所述，商品房合同中约定违约金为总房款的百分之25，并不直接导致合同无效。如果在实际履行中发生纠纷，当事人可以向法院或仲裁机构申请对违约金进行调整。如果你还有其他关于房产合同的问题，欢迎随时向我咨询。