医院内部管理时，员工违反规定一般不可以直接罚款。下面我将从法律角度进行详细分析：

1. 罚款权的限制：

   • 在我国，罚款属于行政处罚的一种，其主体和程序都有严格的法律规定。
   • 根据《行政处罚法》等相关法律法规，只有国家行政机关和法律、法规授权的具有管理公共事务职能的组织才能在法定权限和程序内实施罚款。
   • 医院作为事业单位或企业，并不具备直接的罚款权。

2. 医院内部管理的合法手段：

   • 医院可以通过制定内部规章制度来规范员工行为，并明确违反规定的处理措施。
   • 这些处理措施可以包括警告、记过、降低岗位等级或薪酬、解除劳动合同等，但通常不包括直接罚款。
   • 医院可以通过其他合法方式对员工进行管理和约束，如绩效考核、奖励与惩罚机制等。

3. 特殊情况下的处理：

   • 如果医院与员工在劳动合同中明确约定了违反规定可以扣除一定数额的工资作为惩罚，且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么医院在员工违反规定时可以按照约定扣除工资。
   • 但这种情况下，扣除工资的行为并非基于罚款权，而是基于劳动合同的约定。

综上所述，医院在内部管理时，员工违反规定一般不可以直接罚款。医院应通过制定合法的内部规章制度和其他合法手段来规范员工行为。如果医院与员工在劳动合同中有相关约定，且该约定合法有效，那么医院可以按照约定扣除工资作为惩罚。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。