您公司拥有一万多平米的工业厂房进行招商活动，其合法性主要取决于是否遵守了相关的土地利用规划和法律法规。以下是对此问题的详细分析：

一. 土地利用规划与法律法规

根据《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，土地利用必须符合土地利用总体规划和城乡规划，且不得擅自改变土地用途。工业用地和商业用地在规划中有明确区分，工业用地主要用于工业生产，而商业用地则用于商业经营活动。

二. 工业厂房招商的合法性判断

1. 若厂房用途未变更：

   • 如果您的工业厂房保持原有的工业生产用途，并在此基础上进行招商活动，用于引进其他工业企业或项目，那么这通常是合法的。

2. 若厂房用途发生变更：

   • 如果您的工业厂房计划转变为商业经营用途，如开设超市、商场等，则必须满足以下条件才能合法进行招商：
     • 符合城市总体规划，并经过规划部门批准；
     • 依法进行土地用途变更审批手续；
     • 补缴土地出让金差价，因为商业用地的土地出让金通常高于工业用地。

三. 擅自改变土地用途的后果

如果未经批准擅自将工业用地用于商业经营，将构成违法行为。相关部门会依法进行查处，可能面临罚款、拆除违法建筑等法律后果。

四. 招商活动的合法性建议

• 确保土地用途合法：在进行招商活动前，务必确认您的工业厂房用途是否符合土地利用总体规划和城乡规划。
• 办理相关审批手续：如果计划改变土地用途，务必按照法定程序办理土地用途变更审批手续和其他相关审批。
• 遵守法律法规：在招商过程中，应严格遵守相关法律法规，确保招商活动的合法性和合规性。

综上所述，您公司拥有一万多平米的工业厂房进行招商活动是否合法，取决于厂房的具体用途和是否遵守了相关的土地利用规划和法律法规。我建议您在进行招商前，务必确认厂房用途的合法性，并办理好相关审批手续，以避免可能的法律风险。如有进一步需要，您可以继续咨询我。