“申请再审”案件在审查阶段通常只能出具裁定，而不能直接出具调解文书。这主要基于以下几个方面的考虑：
一. 再审审查阶段的性质与目的
再审审查是法院对当事人提出的再审申请进行审查，以确定是否符合再审条件的程序。这一阶段的主要目的是对再审申请进行初步评估，判断其是否符合再审的法定条件。因此，再审审查阶段的重点在于对再审事由的审查，而非对案件实体争议的处理。
二. 调解文书的出具条件
调解文书通常是在当事人自愿达成调解协议后，由法院根据协议内容制作的具有法律效力的文书。然而，在再审审查阶段，由于法院尚未对再审申请作出最终决定，且案件实体争议尚未进入实质审理阶段，因此通常不具备出具调解文书的条件。
双方自愿同意调解：调解需要双方当事人自愿同意，并在法院的主持下进行。在再审审查阶段，如果双方当事人没有提出调解请求或没有达成调解协议，法院自然无法出具调解文书。
案件符合调解条件：并非所有案件都适合通过调解来解决。在某些情况下，通过诉讼程序可能更为恰当和有效。因此，在再审审查阶段，法院还需要判断案件是否符合调解条件。
三. 裁定与调解文书的区别
裁定是法院在审理案件过程中，对程序性问题或部分实体问题所作的决定。在再审审查阶段，法院如果认为再审申请不符合法定条件，通常会出具裁定予以驳回。而调解文书则是针对当事人达成的调解协议制作的具有法律效力的文书。两者在性质、目的和适用条件上存在显著差异。
四. 实际操作中的考虑
在实际操作中，如果当事人在再审审查阶段达成调解协议，法院通常会建议当事人撤回再审申请，并根据调解协议内容制作调解书。这样做可以避免再审程序的启动和不必要的司法资源浪费。然而，如果当事人坚持要求继续再审程序，则法院将按照再审程序对案件进行审理，并在审理过程中根据具体情况考虑是否组织调解。
综上所述，“申请再审”案件在审查阶段通常只能出具裁定而不能直接出具调解文书，这是基于再审审查阶段的性质、目的以及调解文书的出具条件等多方面因素综合考虑的结果。如有进一步需要，您可以继续咨询我。