针对你提出的问题“借款合同有瑕疵但被告承认借款事实，法院怎么判”，我可以给出以下分析：

结论：法院在判决时会综合考虑借款合同的瑕疵性质、被告对借款事实的承认以及相关法律法规的规定。

分析说明：

1. 借款合同瑕疵的影响：

   • 如果借款合同的瑕疵导致合同无效（如违反法律强制性规定、违背公序良俗等），法院将判决该借款合同无效。此时，借款事实虽被承认，但合同无效意味着双方基于合同的权利义务关系不复存在，法院可能根据实际情况判决返还借款或赔偿损失。
   • 如果借款合同的瑕疵仅涉及借款数额，法院一般会判决实际出借的金额为借款合同的借款数额。这意味着，尽管合同上记载的借款数额可能有误，但法院会根据证据和双方陈述，确定实际的借款金额。
   • 如果借款合同的瑕疵在于条款存在歧义或漏洞，法院会根据合同所使用的词句、有关条款、目的、交易习惯以及诚实信用原则，确定双方的真实意思，并据此作出判决。

2. 被告承认借款事实的意义：

   • 被告承认借款事实，为法院提供了直接的证据，降低了原告举证的难度。
   • 承认借款事实意味着被告对借款关系的存在没有异议，这有助于法院快速查清案件事实，提高审判效率。

3. 法律依据：

   • 《中华人民共和国民法典》第六百六十七条至第六百六十九条对借款合同的相关规定，为法院处理此类案件提供了法律依据。
   • 法院在判决时会严格遵循以事实为依据、法律为准绳的原则，确保判决的公正性和合法性。

行动建议：

• 收集证据：作为原告，应尽可能收集与借款事实相关的证据，如转账记录、聊天记录、证人证言等，以证明借款关系的存在和借款数额的准确性。
• 咨询律师：如果你对案件处理有疑问或需要法律帮助，可以向我咨询，我会根据你的具体情况提供针对性的法律建议。

综上所述，法院在判决时会综合考虑借款合同的瑕疵性质、被告对借款事实的承认以及相关法律法规的规定，并据此作出公正、合法的判决。