关于工程开工后又停工了保证金能否退还的问题，这主要取决于停工的原因、合同的具体条款以及双方的协商情况。以下是我根据不同情况给出的详细分析：
合同有明确约定：
- 如果合同中明确规定了保证金在何种情况下可以退还，那么应严格按照合同约定执行。例如，如果合同约定因甲方（发包方）原因导致工程停工，且停工时间超过一定期限，保证金应予退还，那么在这种情况下，乙方（承包方）有权要求退还保证金。
合同无明确约定或约定不明：
- 如果合同中没有明确约定保证金在停工情况下的处理方式，或者约定不明确，那么双方应本着公平、合理的原则进行协商。一般来说，如果停工是由于甲方原因造成的，且乙方没有过错，那么乙方有权要求退还保证金；如果停工是由于乙方原因造成的，或者双方都有过错，那么保证金的退还就需要根据具体情况进行协商了。
法律规定与合同约定的关系：
- 需要注意的是，即使合同中有约定，但如果该约定违反了法律、行政法规的强制性规定，那么该约定也是无效的。在这种情况下，应依据法律、行政法规的规定来处理保证金的退还问题。
实际操作建议：
- 在实际操作中，如果双方对保证金的退还存在争议，建议首先通过友好协商的方式解决。如果协商不成，可以寻求第三方调解或者通过法律途径解决。在此过程中，建议保留好相关证据，如合同、停工通知书、双方往来函件等，以便在需要时提供证明。
综上所述，工程开工后又停工了保证金能否退还，需要根据停工的原因、合同的具体条款以及双方的协商情况来确定。如果你在这方面遇到了具体的问题或纠纷，可以随时向我咨询，我会根据你的具体情况给出更详细的法律建议。