建设单位将智能化工程单独招标是合法的，但具体是否适用需根据工程性质及招标采购的具体规定来判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 根据相关法律法规：

   • 根据《招标投标实施条例》第二条规定，工程以及工程建设有关的货物、服务采购，适用招标投标法及其监管体系。这意味着，如果智能化工程作为工程建设的一部分，且其设计、施工等符合招标条件，那么单独对其进行招标是符合法律规定的。

2. 考虑工程性质：

   • 如果智能化工程是某个大型建设工程的一个组成部分，且该部分工程具有独立的设计、施工和验收标准，那么建设单位有权选择将其单独进行招标。
   • 如果智能化工程与主体工程紧密相关，无法分割，或者其规模较小，不适合单独招标，那么应将其纳入主体工程的招标范围内。

3. 招标采购的具体规定：

   • 建设单位在单独招标时，应确保招标过程公开、公平、公正，遵守国家及地方关于招标采购的相关规定。
   • 招标文件中应明确智能化工程的具体范围、技术要求、施工标准、验收条件等，以确保投标单位能够准确理解并响应招标要求。

综上所述，建设单位将智能化工程单独招标是合法的，但具体是否适用需根据工程性质及招标采购的具体规定来判断。如果建设单位有此类需求，建议咨询当地建设行政主管部门或专业律师，以确保招标过程的合法性和合规性。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。