将两个工程的设计合并招标是合法的，但前提是必须遵守相关法律法规的规定。以下是详细的分析和解释：

1. 合并招标的合法性：

   • 根据《必须招标的工程项目规定》（国家发展改革委令第16号）第五条第二款的规定，同一项目中可以合并进行的勘察、设计、施工、监理以及与工程建设有关的重要设备、材料等的采购，如果合同估算价合计达到规定标准，则必须招标。这意味着，在法律允许的范围内，合并招标是合法的。

2. 合并招标的条件：

   • 招标人在同一项目中，如果需要对招标内容进行合并招标，必须严格执行《必须招标的工程项目规定》。
   • 同时，为了提高招标效率和降低交易成本，招标人可以根据实际需要，对一定期限内的重复性招标项目或者不同实施主体的同类招标项目进行集中招标。但这种情况下，招标人需要认真研判和充分论证“集中招标”项目是否满足相关条件，并且不得有限制、排斥潜在投标人或者投标人等违法违规行为。

3. 注意事项：

   • 在合并招标时，招标人应确保合并后的项目仍符合招标的相关规定，如合同估算价达到必须招标的标准。
   • 招标人还应遵循“一项一码”的规定，即每个项目都应有其唯一的身份标识，以确保招标活动的合法性和透明度。

综上所述，将两个工程的设计合并招标是合法的，但前提是必须遵守相关法律法规的规定，并确保合并后的项目仍符合招标的相关要求。如果您在具体操作中遇到任何问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。