两个单位工程分开招标并不一定违反相关法律，具体是否违规需结合实际情况和相关法律规定来判断。以下从不同角度进行分析：
一、法律允许分开招标的情形
项目特性与需求：
- 如果两个单位工程在性质、规模、技术要求等方面存在显著差异，或者它们之间相对独立，分开招标可能更有利于选择最适合的承包商，提高工程质量和效率。
- 例如，一个项目可能包含土建工程和安装工程，这两部分工程在技术、施工和管理上都有较大差异，分开招标可以确保各部分工程都能得到专业的处理。
招标人自主权：
- 招标人在不违反法律、行政法规的强制性规定的前提下，享有自主决定招标方式的权利。
- 如果招标人认为分开招标更符合项目需求，且能够确保招标的公平、公正和透明，那么分开招标是合法的。
相关法律规定：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》及相关规定，招标人可以根据项目的具体情况和需要，选择适当的招标方式，包括公开招标、邀请招标等。
- 法律并未明确禁止两个单位工程分开招标，只要招标过程符合法律、行政法规的强制性规定，分开招标就是合法的。
二、可能违反法律规定的情形
规避招标：
- 如果招标人将本应作为一个整体进行招标的项目拆分成多个部分，以规避公开招标或降低招标门槛，这种行为可能违反法律。
- 例如，将一个大项目拆分成多个小项目，分别进行邀请招标，以规避公开招标的法定要求。
不公平竞争：
- 如果分开招标导致某些潜在投标人无法参与竞争，或者招标人在招标过程中设置不合理的条件限制竞争，这种行为可能违反法律。
- 例如，招标人将两个单位工程分别招标，但只邀请部分潜在投标人参与其中一个工程的投标，从而限制了其他投标人的竞争机会。
违反法定程序：
- 如果分开招标的过程中存在违反法定程序的行为，如未按照规定发布招标公告、未组织评标委员会进行评标等，这种行为也是违法的。
三、建议与注意事项
确保合法合规：
- 招标人在决定分开招标时，应仔细审查相关法律规定，确保招标过程合法合规。
- 可以咨询专业律师或招标代理机构，以获取更准确的法律意见和指导。
维护公平竞争：
- 招标人应确保招标过程的公平、公正和透明，避免设置不合理的条件限制竞争。
- 可以制定详细的招标文件和评标标准，确保所有潜在投标人都能在同等条件下参与竞争。
加强监管与审计：
- 相关部门应加强对招标活动的监管和审计，确保招标人遵守法律、行政法规的强制性规定。
- 对于发现的违法行为，应及时进行查处和纠正，以维护招标市场的秩序和公平竞争环境。
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