虚开通知单协查资料收集后，应依法进行处理，包括审核、分析资料，并根据调查结果决定是否立案、移送司法机关等。具体处理流程如下：

一. 资料审核与分析

1. 对收集到的协查资料进行逐一审核，确认其真实性、完整性和合法性。这包括但不限于发票、合同、账簿、凭证等相关证据材料。
2. 对资料进行深入分析，判断是否存在虚开通知单的行为，以及该行为的性质、情节和后果。这涉及到对税法、会计法等相关法律法规的理解和应用。

二. 处理决定

1. 若调查发现存在虚开通知单的行为，且情节严重，可能构成犯罪的，应依法移送司法机关处理。此时，需要整理好相关证据材料，形成完整的证据链，以便司法机关进行后续侦查和起诉。
2. 若虚开行为情节较轻，不构成犯罪，但违反了税法或会计法的相关规定，应依法给予行政处罚。这包括罚款、没收违法所得、吊销执照等。
3. 若调查发现不存在虚开通知单的行为，或者证据不足无法认定，应及时告知相关当事人，并解除对其的协查措施。

三. 后续跟进

1. 对于移送司法机关的案件，应积极配合司法机关的调查和审判工作，提供必要的法律支持和证据材料。
2. 对于给予行政处罚的案件，应监督当事人履行处罚决定，确保法律威严得到维护。
3. 对于解除协查措施的案件，应及时归档相关资料，做好案件管理工作。

我建议在处理虚开通知单协查资料时，应严格遵循法律法规的规定，确保处理的公正性和合法性。同时，也要注意保护当事人的合法权益，避免不必要的纠纷和损失。如有进一步需要，您可以继续咨询我。