公司代缴个人所得税后，可以起诉对方要求退回垫付税款，但需满足一定条件。
一. 代缴税款与垫付税款的区别
- 代缴税款：通常指公司按照法律规定，代扣代缴员工的个人所得税。这种情况下，税款本应由员工承担，公司只是代为缴纳。
- 垫付税款：则是指公司先行支付了本应由员工承担的个人所得税。这种情况下，公司实际上承担了本不应由其承担的税款。
二. 起诉要求退回垫付税款的条件
- 存在明确的垫付事实：公司需要能够证明其确实为员工垫付了个人所得税款。这通常需要有明确的财务记录、转账凭证等证据。
- 双方有约定或法律支持：如果双方之间有明确的约定，如劳动合同中明确规定了税款的承担方式，或者法律有明确规定公司可以起诉要求退回垫付税款，那么公司就可以依法起诉。
- 诉讼主体适格：公司需要确保自己是适格的诉讼主体，即有权提起诉讼的法人或组织。
三. 法律依据
- 根据《中华人民共和国税收征收管理法》及相关法律法规，个人所得税由纳税人自行申报缴纳，但单位也可以代扣代缴。然而，这并不意味着单位必须承担员工的税款。如果单位为员工垫付了税款，且双方没有明确的约定或法律支持，单位可以依法要求员工退还垫付的税款。
四. 实际操作建议
- 在起诉前，公司应首先尝试与员工进行协商，看是否能够达成和解或调解。
- 如果协商无果，公司可以收集相关证据，如财务记录、转账凭证、劳动合同等，向法院提起诉讼。
- 在诉讼过程中，公司应充分阐述其垫付税款的事实和法律依据，以争取法院的支持。
我建议：公司在为员工代缴个人所得税时，应明确税款的承担方式，并在劳动合同或相关协议中予以明确。如果确实发生了垫付税款的情况，公司应及时与员工沟通协商，并保留好相关证据以便后续处理。如有进一步需要，您可以继续咨询我。