个人替公司缴纳个税后，能否向法院起诉需分情况讨论，具体如下：

1. 若公司未履行代扣代缴义务，个人被迫垫付税款
   根据《个人所得税法》第九条，公司作为扣缴义务人，应依法代扣代缴员工个税。若公司未履行该义务，导致税务机关向个人追缴税款，个人可依据《民法典》第五百七十七条（违约责任）或第九百八十五条（不当得利返还）向法院起诉公司，要求返还垫付的税款及可能产生的利息或损失。
   关键点：需证明公司存在过错（如未扣缴、未申报），且个人已实际支付税款（保留完税凭证、银行转账记录等证据）。

2. 若个人与公司约定由个人承担税款（如“税后工资”条款）
   若双方在劳动合同或补充协议中明确约定“工资为税后金额，个税由个人承担”，则个人缴纳税款属于履行合同义务，一般无权起诉公司。但需注意：

   • 合法性审查：若该约定违反《个人所得税法》的强制性规定（如公司试图通过约定逃避代扣代缴义务），可能被认定为无效条款，个人仍可主张公司返还税款；
     
   • 公平性考量：若约定显失公平（如税款金额远超合理范围），个人可依据《民法典》第一百五十一条（显失公平）请求撤销约定，并要求公司分担税款。

3. 若公司以其他名义要求个人缴纳税款（如虚构费用）
   若公司以“个税”为名，实际要求个人支付与个税无关的费用（如罚款、管理费等），可能构成欺诈或胁迫。个人可依据《民法典》第一百四十八条（欺诈）、第一百五十条（胁迫）主张撤销相关约定，并要求公司返还钱款。

行动建议：

• 收集证据：保留劳动合同、工资条、完税凭证、公司通知或协议等材料，证明税款支付事实及公司责任；
  
• 协商解决：优先与公司沟通，明确税款承担主体，要求返还垫付款项；
  
• 法律途径：若协商无果，可向法院提起民事诉讼（案由：合同纠纷或不当得利纠纷），或向税务机关举报公司未履行代扣代缴义务（可能触发行政处罚，间接推动问题解决）。
  

如有进一步细节（如具体约定内容、税款金额等），可向我补充说明，以便更精准分析。