针对您提出的新成立的公司章程中有三个法人股东但新公司成立合伙协议中只有两个法人的问题，这里是我的详细解答：

首先，明确结论：公司章程中记载的股东与公司合伙协议（如果公司形式为合伙企业）中的合伙人不必完全一致，因为两者反映的公司法律关系和法律主体性质可能不同。但如果是公司制企业，通常不存在“合伙协议”这一说法，而是股东之间的协议或公司章程来规范股东关系。这里可能涉及的是公司制企业与合伙企业的混淆，或者是公司设立过程中的文件不一致问题。

接下来，分情况详细解释：

1. 公司制企业的情况：
   • 公司章程：是公司设立的基本法律文件，记载了公司的名称、住所、经营范围、注册资本、股东信息（包括股东名称、出资方式、出资额等）、组织机构设置、议事规则等。
   • 股东：是公司出资人，享有公司权益，承担公司义务。公司章程中应列明所有股东的信息。
   • 不存在合伙协议：在公司制企业中，通常不存在“合伙协议”这一说法。股东之间的关系由公司章程和股东之间的协议（如有）来规范。

如果公司章程中有三个法人股东，但提及的“合伙协议”中只有两个法人，可能是：

• 文件混淆或错误：可能将公司设立过程中的某个文件（如股东之间的合作协议）误称为“合伙协议”。
• 股东变更未更新文件：在公司设立后，可能有股东变更，但相关文件（如合伙协议，如果实际存在的话）未及时更新。

建议：检查公司设立的所有相关文件，确保股东信息的一致性，并更新任何不准确或过时的文件。

1. 合伙企业的情况（虽然与您的问题可能不直接相关，但为了全面解答，仍作说明）：
   • 合伙协议：是合伙企业设立的基本法律文件，记载了合伙企业的名称、经营范围、合伙人信息（包括合伙人名称、出资方式、出资额、利润分配方式等）、合伙事务的执行等。
   • 合伙人：是合伙企业的出资人，共同经营合伙企业，享受合伙权益，承担合伙义务。

在合伙企业中，如果合伙协议与某个文件（如企业登记信息）中的合伙人信息不一致，可能是：

• 文件更新不及时：合伙企业设立或变更后，相关文件未及时更新。
• 合伙协议未反映最新情况：合伙协议可能未及时修订以反映合伙人的最新变化。

建议：检查合伙企业的所有相关文件，确保合伙人信息的一致性，并及时修订合伙协议以反映任何变更。

总结：您提到的情况可能是公司设立过程中的文件不一致或混淆所致。建议仔细检查公司设立的所有相关文件，确保股东或合伙人信息的一致性，并及时更新任何不准确或过时的文件。如果仍有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。