指定保密规章由国家保密行政管理部门制定。具体分析如下：

一. 保密规章的制定主体

依据《中华人民共和国保守国家秘密法》第四十八条的规定：“国家保密行政管理部门依照法律、行政法规的规定，制定保密规章和国家保密标准。”这表明，国家保密行政管理部门是保密规章的制定主体，负责根据法律、行政法规的规定，制定相关的保密规章。

• 例如，在实际操作中，国家保密局作为保密行政管理部门，会会同中央有关机关及国务院有关部门，如中央组织部、国家人力资源和社会保障部、公安部等，共同制定保密规章，以确保规章的全面性、专业性和实用性。

综上所述，指定保密规章的制定工作由国家保密行政管理部门负责。这一规定确保了保密规章的制定具有权威性和专业性，有助于维护国家秘密的安全和保障国家的利益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。