公司工厂违法用工应通过向劳动监察部门投诉、提起劳动仲裁或劳动诉讼以及申请强制执行等方式进行处理。以下是对此问题的详细分析：
一. 违法用工的定义及情形
违法用工是指用人单位在用工过程中违反了相关法律法规的规定。根据《中华人民共和国劳动法》及相关法律法规，违法用工的情形包括但不限于：
- 无营业执照或未经依法登记、备案的单位招用劳动者：这些单位通常没有取得合法的经营资格，因此其用工行为被视为非法。
- 被依法吊销营业执照或撤销登记、备案的单位继续招用劳动者：这些单位虽然曾经合法存在，但因违法违规行为被吊销营业执照或撤销登记、备案，失去了合法经营资格，继续招用劳动者则构成非法用工。
- 非法招用未满十六周岁的未成年人（童工）：根据《中华人民共和国劳动法》第九十四条，用人单位非法招用未满十六周岁的未成年人，被视为非法用工。
二. 违法用工的法律责任
公司工厂违法用工需要承担的法律责任主要包括民事责任、行政责任和可能的刑事责任：
- 民事责任：根据《中华人民共和国劳动合同法》第九十三条，对不具备合法经营资格的用人单位的违法犯罪行为，将依法追究法律责任。如果劳动者已经为该单位付出了劳动，那么该单位或者其出资人应当依照劳动合同法的有关规定向劳动者支付劳动报酬、经济补偿、赔偿金。如果非法用工给劳动者造成了损害，该单位还应当承担赔偿责任。
- 行政责任：依据《中华人民共和国劳动法》第八十九条、第九十四条，如果用人单位制定的劳动规章制度违反了法律、法规的规定，或者非法招用了未满十六周岁的未成年人，劳动行政部门会给予警告，并责令其改正。对劳动者造成损害的，用人单位还需要承担相应的赔偿责任。此外，对于非法招用童工的行为，劳动行政部门将责令其改正，并处以罚款；情节严重的，市场监督管理部门还可能吊销其营业执照。
- 刑事责任：在某些情况下，非法用工可能构成犯罪，需要承担刑事责任。例如，如果非法用工行为涉及到非法经营，且情节严重的，可能会被处五年以上有期徒刑，并处罚金或者没收财产。此外，如果用人单位使用童工，并造成童工伤残或死亡，也可能构成犯罪，需要承担相应的刑事责任。
三. 处理违法用工的具体措施
针对公司工厂违法用工的行为，可以采取以下措施进行处理：
- 向劳动监察部门投诉：劳动者在发现公司工厂存在违法用工行为时，可以向当地的劳动监察部门投诉。投诉时应提供详细的违法用工事实和证据，如未签订劳动合同、超时加班、未支付加班费等。劳动监察部门在接到投诉后，会依法进行调查处理，对违法用工的公司工厂进行相应的处罚，并保障劳动者的合法权益。
- 提起劳动仲裁或劳动诉讼：如果劳动者与公司工厂之间因违法用工行为发生劳动争议，劳动者可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。在申请劳动仲裁时，劳动者需要提交仲裁申请书、相关证据材料等。劳动仲裁委员会在受理申请后，会依法组织仲裁庭进行审理，并作出仲裁裁决。如果劳动者对仲裁裁决不服，还可以向人民法院提起诉讼，通过司法程序维护自己的权益。
- 申请强制执行：在劳动仲裁裁决或法院判决生效后，如果公司工厂拒不履行义务，劳动者可以向人民法院申请强制执行。申请强制执行时，劳动者需要提交强制执行申请书、生效法律文书等材料。人民法院在受理申请后，会依法采取强制措施，强制公司工厂履行义务，保障劳动者的合法权益。
我的观点：公司工厂违法用工是一种严重的违法行为，不仅损害了劳动者的合法权益，也扰乱了正常的劳动力市场秩序。因此，对于违法用工的行为，必须依法进行严厉打击和处罚。同时，我也建议劳动者在入职前与用人单位签订正规的劳动合同，明确双方的权利和义务，以避免不必要的纠纷。如有进一步需要，您可以继续咨询我。